Мырзахметов 2002 жылы Қазақстан Республикасы Қарулы күштерінің Әскери академиясын тәмамдаған. Әскери қызмет жолын взвод командирі болып бастап, кейін Мемлекеттік күзет қызметінің департамент бастығына дейін көтерілген.
2024 жылғы қаңтарда Мемлекет басшысы Қасым-Жомарт Тоқаев оны Қазақстан Қарулы күштерінің Арнайы операциялар күштерінің қолбасшысы қызметіне тағайындаған.
Оның осы қызметте болған кезеңінде Қазақстан Қарулы күштері тарихында алғаш рет әскери қызметшілердің күрең берет тағу құқығына арналған біліктілік сынағы өткізілген. Әскери қызметшілер марш жасап, противогазбен арнайы учаскелерден өтіп, жараланғандарды эвакуациялау, таулы және су кедергілерінен өту, атыс жүргізу және шартты қарсылас оғы астындағы тапсырмаларды орындаған. Сынақтан 29 әскери қызметші өткен.
2026 жылғы мамырда Айдос Мырзахметовке генерал-майор әскери атағы берілді. Оның марапаттарының қатарында II дәрежелі «Айбын» ордені де бар.
Бұған дейін Қорғаныс министрі қызметін генерал-лейтенант Даурен Косанов атқарған. Ол Армавир жоғары әскери авиациялық училищесін, Ю.А. Гагарин атындағы Әскери-әуе академиясын және Ресей Қарулы күштері Бас штабының Әскери академиясын тәмамдаған.
Айдос Мырзахметовтің Қорғаныс министрі қызметіне тағайындалуы Қарулы күштерге қатысты бірқатар маңызды мәселелер талқыланып жатқан кезеңге тұспа-тұс келді. Атап айтқанда, Каспийдегі әскери қызметшілерге қатысты қайғылы оқиғадан кейін қылмыстық іс тергеліп, Қорғаныс министрлігінде кешенді тексеру басталған.
Енді жаңа министрдің әскери қызметтегі тәжірибесі Қорғаныс министрлігінің жұмысына қалай әсер ететіні, соның ішінде әскери тәртіп, жауынгерлік даярлық және әскери қызметшілердің қауіпсіздігі мәселелеріне қандай өзгерістер әкелетіні назарда болады.
